Un simple message crypté, retransmis presque instantanément dans toute la galaxie, en des lieux différents et éloignés. Cette directive aurait pu en être une parmi tant d'autres, et elle aurait pu passer inaperçue, si ce n'est que sa soudaine activation a entraîné des conséquences tragiques, jusqu'alors inégalées. Mise au point par un génie machiavélique, cet ordre, fruit de mûres et longues réflexions, a tout bonnement scellé l'obscur destin des Jedi sous l'Ancienne République. Dans l'intention de réinstaurer un empire, et plus particulièrement d'éradiquer l'Ordre Jedi jusque dans ses fondements, Palpatine, alias Dark Sidious, avait minutieusement et laborieusement planifié sa stratégie. Pour ainsi dire, le futur Empereur avait effectivement tout prévu dans les moindres détails, étudiant la plupart des angles d'attaque qui lui soient possibles d'utiliser, en vue de rendre son projet quasi infaillible.
Afin de réussir dans sa tentative, trois choses lui étaient indispensables : une armée obéissant à ses moindres désirs, les pleins pouvoirs dans l'optique d'assurer sa domination, et un élève doué dans la Force pour lui servir de pion. Tout ceci, il l'obtint en déclenchant la légendaire Guerre des Clones. Avant d'avoir la possibilité de proclamer la mise en place de l'Empire Galactique devant le Sénat, Dark Sidious devait d'abord balayer les derniers obstacles encombrant le chemin qui le mènerait au sommet de sa gloire. Les sénateurs, majoritairement sous sa coupe puisque indispensables dans un premier temps pour gouverner son futur régime, ne représentaient plus une réelle menace. Seuls les Jedi, déjà affaiblis et amoindris par le conflit, constituaient un maigre barrage qu'il devait franchir pour continuer son ascension. Pour ce faire, il fit voter au Sénat un texte qui plaçait tous les Jedi sous l'autorité du cabinet personnel du Chancelier. De facto, les soldats, s'ils recevaient deux ordres contradictoires, l'un des Jedi et l'autre du Chancelier, devaient obéir à celui du Chancelier. Il suffisait alors à Dark Sidious d'un mot, d'un chiffre resté en sommeil et prononcé au moment propice, pour que les Sith aient enfin leur revanche sur leurs ennemis héréditaires.
Ce moment vint lorsque Mace Windu, accompagné de trois autres membres du Conseil Jedi, voulut arrêter Palpatine et le juger selon les lois républicaines. Mais l'opération fut avortée par l'intervention du traître Anakin Skywalker, et Sidious la qualifia ensuite d'attentat raté contre sa personne pour servir ses intérêts. Le point culminant de la Guerre des Clones, autrement dit le mécanisme devant entraîner la chute des Jedi, l'un des plus lâches, vils et fourbes que la galaxie ait connu, s'était déclenché. Il débuta sur Coruscant, où Dark Vador, accompagné de milliers de soldats clones appartenant à la célèbre 501ème Légion, prit d'assaut le Temple des adeptes de la Force, tuant tous ceux qui s'y trouvaient. Parallèlement à cette attaque, Palpatine, confortablement installé dans son bureau, retransmit un message via le réseau HoloNet à tous les commandants clones disséminés aux quatre coins de la galaxie : le fameux Ordre 66.
À partir de ce moment, les Jedi, qu'ils soient Maîtres, Chevaliers, Padawans ou même novices, furent considérés comme des traîtres et des ennemis de la République Galactique, et en définitif devaient être éliminés sans aucune sommation. Trop dispersés dans la galaxie, les Jedi restaient isolés les uns par rapport aux autres, ce qui faciliterait la tâche aux exécutants, car de toute façon il n'y aurait pas de prisonniers. Les soldats et officiers supérieurs clones, conditionnés de façon spécifique par les Kaminoans pour que cet ordre soit gravé dans leur mémoire, ne purent qu'acquiescer de façon immédiate devant l'autorité suprême du Chancelier de la République. Certains, tels que les commandants Cody ou Bly, bien qu'ayant tissé des liens de fraternité avec les Jedi, se retournèrent pourtant contre leurs amis. Silencieusement, des armes se braquèrent, des chasseurs stellaires verrouillèrent leur cible, et des tourelles d'artillerie pivotèrent pour se mettre en position de tir, que ce soit au front ou à l'arrière des lignes. Suite à la mutinerie de leurs propres troupes, devant la rapidité d'exécution et l'improbabilité d'une telle action, les Jedi, totalement désemparés et effarés, furent éliminés sans avoir pu se défendre ou tenter une quelconque riposte.
De nombreux jeunes étudiants et de grands Maîtres, en poste sur différentes planètes, ont été sauvagement abattus sans avoir eu le temps de réaliser ce qui se tramait dans leur dos :
- Ki-Adi-Mundi, lors d'une charge menée sur une des nombreuses passerelles de Mygeeto reliant les cités-forteresse du Clan Bancaire Intergalactique, a été abattu par le commandant Bacara et ses hommes tandis qu'il se retournait pour connaître la raison de l'arrêt de l'assaut.
- Aayla Secura fut liquidée par le commandant Bly et ses hommes dans la jungle de Felucia, criblée de tirs de blasters dans le dos sans avoir eu le temps de dégainer son sabre laser. Barriss Offee mourut sur la même planète, ne pouvant faire face seule contre un RT-TT.
- Plo Koon fut désintégré dans le crash de son chasseur Jedi Delta-7, abattu par une escorte d'ARC-170 républicains au cours d'une simple patrouille dans les cieux de Cato Neimoidia.
- Stass Allie, en patrouille sur le monde de Saleucami, s'écrasa entre les rocailles avec sa motojet BARC, prise sous le feu des motojets du commandant Neyo et d'un autre soldat.
- Sur Kashyyyk, Luminara Unduli conversait avec un groupe de huit officiers clones pendant que la directive était retransmise, et elle ne put échapper à son destin quand ils dégainèrent les armes de leurs étuis. Quant à Quinlan Vos, il fut laissé pour mort après la destruction de son Juggernaut par autre Juggernaut.
- Sur Murkhana, Roan Shryne et son Padawan Olee Starstone ont été épargnés par un commando clone qui avait refusé d'obéir à l'ordre de Palpatine. Ce fut le seul acte brave de ce genre à avoir été observé dans toute la galaxie.
- Sur Utapau, Obi-Wan Kenobi escaladait une falaise abrupte avec une Varactyl quand l'Ordre 66 fut transmis. Il fut sauvé de justesse par sa monture Boga qui, grâce à un sixième sens, avait anticipé le danger, encaissant l'ensemble des déflagrations engendrées par un RT-TT et les soldats du commandant Cody. Boga mourut suite à sa chute libre au fond du gouffre, mais le Jedi survécut en s'abîmant dans un lac.
- Durant une attaque séparatiste sur Kashyyyk, le vénérable Yoda, qui avait ressenti à travers la Force une grande perturbation causée par la mort de tant de ses confrères et consœurs, décapita en un unique coup le commandant Gree et un éclaireur clone qui s'apprêtaient à l'achever. Aidé par les wookies Tarfful et Chewbacca, il put ensuite s'enfuir sans encombre de la planète.
Très peu de Jedi échappèrent à ce massacre en règle, et pour les éventuels rescapés de cette manœuvre initiale tels que la Femme Sombre ou Quinlan Vos, ils furent par la suite traqués sans relâche. Pour quelques rares autres, tels que Depa Billaba, le sort que leur a réservé la directive 66 reste assez nébuleux dans les détails, voire totalement incertain. Ce massacre, ni plus ni moins légalisé, apparaît comme l'aboutissement d'une longue série d'intrigues et de manipulations politico-militaires, mais aussi comme l'effondrement du dernier rempart protecteur de la République et comme le début de la terrible Grande Purge Jedi. L'immense piège que représentait la Guerre des Clones s'était définitivement refermé sur l'Ordre des gardiens de la paix et de la liberté. Quelques heures après le lancement de cet ordre, Dark Vador assassina les membres du Conseil Séparatiste, ce qui marqua le point final du conflit galactique et l'émergence du nouvel Empire.